중소기업산학협력센터는 1998년도부터 산학연협력기술개발 컨소시엄사업 기관으로 지정받았으며 산학연협력기술개발사업을 체계적으로 지원·관리하기 위하여 1998년 7월 산학협력단(중소기업협력센터)을 설립함
2006년 9월 산업기술연구소로 담당부서 이전 후, 2012년 3월 중소기업청의 산학연협력사업 주요 개편안에 의거, “중소기업산학협력센터”를 설립하여 센터장 1명, 전담매니저 1명으로 조직을 구성하여 운영하고 있음
지역사회의 중소기업 지원 산학협력 역량 직접화 및 지원체계 마련 등의 공로를 인정받아 중소기업기술혁신대전에서 2002년 9월 교육인적자원부 부총리 표창, 2015년 9월 국무총리 표창을 수여받음
